Pierwszy kościół, zapewne drewniany, stał w tym miejscu już w XIV wieku. Obecny został zbudowany w 1680 roku w stylu nawiązującym do gotyku - ma wysokie i wąskie okna, zakończone ostrymi łukami, zaś ściany na zewnątrz są podparte szkarpami. Wyposażenie tego małego kościółka w znacznej części pochodzi z katedry w Pelplinie - zarówno ołtarz główny zbudowany w stylu barokowym z XVIII wieku. Z Pelplina pochodzi też obraz Komunii św. Stanisława Kostki, namalowany w XVII wieku do kościoła klasztornego.
Warto zwrócić uwagę na tabliczkę wskazującą poziom wody w czasie wielkiej powodzi, która miała miejsce w 1855 roku. Wskutek zaniedbań proboszcza część wału, którym opiekowała się parafia, runął pod naporem wód Wisły i zalała Wielki Lubień. Po powodzi proboszcz został zobowiązany do wypłacenia odszkodowań osiadłym tu osadnikom holenderskim.